home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00449 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  4.5 KB  |  88 lines
  1. **************************************
  2. * Zinc finger, C3HC4 type, signature *
  3. **************************************
  4.  
  5. A number of eukaryotic and viral proteins  contain a  conserved  cysteine-rich
  6. domain of 40 to 60 residues probably involved in the zinc-dependent binding of
  7. DNA [1,2,3,4].  The  spacing  of  the  cysteines in such a domain is C-x(2)-C-
  8. x(11 to 27)-C-x-H-x(2)-C-x(2)-C-x(6 to 17)-C-x(2)-C.  Accordingly, this domain
  9. is known as the C3HC4 zinc-finger.
  10.  
  11. Proteins currently  known  to  include  the  C3HC4  domain  are  listed  below
  12. (references are only provided for recently determined sequences).
  13.  
  14.  - Mammalian   V(D)J   recombination  activating  protein  (gene  RAG1).  RAG1
  15.    activates the rearrangement of immunoglobulin and T-cell receptor genes.
  16.  - Mouse rpt-1. Rpt-1 is a trans-acting factor that regulates  gene expression
  17.    directed by the promoter region  of the interleukin-2 receptor  alpha chain
  18.    or the LTR promoter region of HIV-1.
  19.  - Human rfp. Rfp is  a developmentally regulated protein that may function in
  20.    male germ cell development. Recombination of the N-terminal section  of rfp
  21.    with a protein tyrosine kinase produces the ret transforming protein.
  22.  - Human 52 Kd Ro/SS-A protein. A protein of unknown function from the Ro/SS-A
  23.    ribonucleoprotein  complex.     Sera  from  patients  with  systemic  lupus
  24.    erythematosus or primary Sjogren's  syndrome  often contain antibodies that
  25.    react with the Ro proteins.
  26.  - Human histocompatibility locus protein RING1.
  27.  - Human PML, a probable transcription factor.  Chromosomal  translocation  of
  28.    PML with  retinoic receptor alpha  creates  a  fusion  protein which is the
  29.    cause of acute promyelocytic leukemia (APL).
  30.  - Mammalian cbl proto-oncogene [5].
  31.  - Mammalian bmi-1 proto-oncogene.
  32.  - Mammalian mel-18 protein. Mel-18 is expressed in a variety of tumor cells.
  33.  - Mammalian peroxisome  assembly factor-1 (PAF-1) (PMP35), which  is somewhat
  34.    involved in the biogenesis of peroxisomes. In humans, defects in PAF-1  are
  35.    responsible for  a  form  of  Zellweger  syndrome,  an  autosomal recessive
  36.    disorder associated with peroxisomal deficiencies.
  37.  - Human RING1 protein.
  38.  - Xenopus XNF7 protein, a probable transcription factor.
  39.  - Trypanosoma  protein  ESAG-8  (T-LR),   which   may   be  involved  in  the
  40.    postranscriptional regulation  of  genes  in  VSG  expression  sites or may
  41.    interact with adenylate cyclase to regulate its activity [6].
  42.  - Drosophila proteins  Posterior Sex  Combs (Psc) and Suppressor two of zeste
  43.    (Su(z)2) [7]. The two proteins belong to the Polycomb group of genes needed
  44.    to maintain the segment-specific repression of homeotic selector genes.
  45.  - Arabidopsis thaliana protein COP1 [8] which  is  involved in the regulation
  46.    of photomorphogenesis.
  47.  - Fungal DNA repair proteins RAD5, RAD16, RAD18 and rad8.
  48.  - Herpesviruses trans-acting transcriptional protein ICP0/IE110. This protein
  49.    which  has  been  characterized [9] in  many  different  herpesviruses is a
  50.    trans-activator and/or -repressor  of  the  expression  of  many  viral and
  51.    cellular promoters.
  52.  - Baculoviruses protein CG30.
  53.  - Baculoviruses major immediate early protein (PE-38).
  54.  - Baculoviruses immediate-early regulatory protein IE-N/IE-2.
  55.  - Caenorhabditis elegans hypothetical proteins F54G8.4, R05D3.4 and T02C1.1.
  56.  - Yeast hypothetical protein YKR017c.
  57.  
  58. As a signature pattern for the C3HC4 finger, we selected the central region of
  59. the domain.
  60.  
  61. -Consensus pattern: C-x-H-x-[LIVMFY]-C-x(2)-C-[LIVMYA]
  62. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  63.  for rad8.
  64. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Mastomys  natalensis papillomavirus
  65.  protein E6 and mammalian GTP-binding protein ARD1.
  66. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  67.  
  68. [ 1] Freemont P.S., Hanson I.M., Trowsdale J.
  69.      Cell 64:483-484(1991).
  70. [ 2] Haupt Y., Alexander W.S., Barri G., Klinken S.P., Adams J.M.
  71.      Cell 65:753-763(1991).
  72. [ 3] Reddy B.A., Etkin L.D.
  73.      Nucleic Acids Res. 19:6330-6330(1991).
  74. [ 4] Goebl M.G.
  75.      Cell 66:623-623(1991).
  76. [ 5] Blake T.J., Shapiro M., Morse H.C. III, Langdon W.Y.
  77.      Oncogene 6:653-657(1991).
  78. [ 6] Ross D.T., Raibaud A., Florent I.C., Sather S., Gross M.K., Storm D.R.,
  79.      Eisen H.
  80.      EMBO J. 10:2047-2053(1991).
  81. [ 7] Brunk B.P., Martin E.C., Adler P.N.
  82.      Nature 353:351-353(1991).
  83. [ 8] Deng X.-W., Matsui M., Wei N., Wagner D., Chu A.M., Feldmann K.A.,
  84.      Quail P.H.
  85.      Cell 71:791-801(1992).
  86. [ 9] Moriuchi H., Moriuchi M., Smith H.A., Straus S.E., Cohen J.I.
  87.      J. Virol. 66:7303-7308(1992).
  88.